С середины XII в. главной обязанностью рыцарей становится война с неверными и охрана паломников, едущих в Святую Землю из Европы. На новом поприще орден не только приобрел еще большее значение, но и был одарен новыми привилегиями, особенно императором Фридрихом I в 1185 году. Орден уже располагает владениями в Палестине и Южной Франции. Иоанниты начинают так же, как и тамплиеры, приобретать большое влияние в Европе. В конце XII века христиан вынудили уйти из Палестины. Рыцари госпитальеры были вынуждены покинуть в 1187 году свою главную резиденцию, находящуюся в Иерусалиме. Госпитальеры - иоанниты еще некоторое время удерживали в Сирии принадлежавшие ордену земли. Но в 1291 году, когда пал последний оплот крестоносцев в Святой Земле, прибрежная крепость Акра, госпитальерам пришлось переселиться на остров Кипр. Кипром в то время правил король Гвидо Лузиньян (потомок последнего короля Иерусалима). Присутствие на его острове мощной, хорошо вооруженной военной организации давало королю защиту от набегов мусульманских пиратов, но то, что госпитальеры были совершенно независимы, не нравилось королю, а это в свою очередь приводило к конфликтам. Госпитальеры на Кипре построили свой флот и успешно воевали на море против мусульман. Нападая на вражеские корабли, рыцари захватывали богатую добычу. Но обострившиеся отношения с королем Кипра привели к тому, что в 1307 году рыцарям госпитальерам пришлось переселиться с Кипра на остров Родос, принадлежавший в то время Византии. Местное греческое население, не желало подчиняться госпитальерам. Рыцарям понадобилось два года, чтобы полностью подчинить себе остров, и только после этого Великий магистр Фалькон де Вилларет провозгласил Родос собственностью ордена, и с этого времени рыцарей ордена называют Родосскими рыцарями. Орден продолжал богатеть. Доходы ему приносили земельные владения в Европе, но большую прибыль составляли военные трофеи, захваченные у мусульманских пиратов во время морских сражений. Родосские рыцари продолжали свято соблюдать уставные традиции, сложившиеся еще при основании ордена. Но стать членом ордена становится гораздо труднее, чем раньше (особенно рыцарям). Впрочем, в виде исключения Великий магистр мог даровать кому-либо звание Родосского рыцаря по своему усмотрению, но даже эти возможные исключения были строго оговорены правилами, через которые и глава ордена не мог переступить. Но можно было вступить в орден не в качестве рыцаря, а простым воином. Это было проще, но и здесь требовались свидетельства о том, что отец и дед не были рабами и не промышляли каким-нибудь художеством или ремеслом. При наличии всех подтверждающих бумаг будущего члена ордена допускали к испытаниям. Он должен был подтвердить свое воинское искусство, а также совершить, по крайней мере, пять «караванов». Под «караваном» подразумевались плавания на судах ордена с 1 января по 1 июля или с 1 июля по 1 января. Так что будущий член ордена должен был проплавать в море не менее двух с половиной лет. После этого тот, кто проходил это испытание, должен был принести обеты послушания, целомудрия, бедности, а также обет искоренять мусульман. Рыцари ордена по-прежнему носили отличительную орденскую одежду, никто не мог носить ее, кроме членов ордена. И только в редких случаях она могла быть предоставлена королям или знатным сеньорам, которые жертвовали в казну ордена крупную сумму золотом.
Существовали и правила для общего рыцарского стола — в день рыцарю полагалось не меньше фунта мяса, один графин хорошего вина и шесть хлебов. В постные дни мясо заменялось рыбой и яйцами.